Entre los vegetales marinos que viven en el Mar Menor se encuentran dos fanerógamas marinas: Cymodocea nodosa y Ruppia cirrhosa, además de algas verdes, pardas y rojas que toleran bien la salinidad. Las algas verdes son las más abundantes, principalmente Caulerpa prolifera, que cubre la mayor parte de los fondos. Otras algas verdes abundantes son: Acetabularia acetabulum y A. calyculus, dos especies de algas unicelulares gigantes; Batophora sp. que está extendiéndose mucho en los últimos años  y algunas especies de Chaetomorpha. Entre las algas pardas destaca Cystoseira sp que suele crecer en las zonas rocosas de las islas y entre las algas rojas, Jania rubens o Laurencia obtusa se encuentran igualmente en las zonas rocosas.