La presencia de muchas especies en el Mar Menor está limitada por la mayor salinidad de sus aguas respecto al mar Mediterráneo así como por su mayor temperatura en verano y su escasa profundidad (4 m de media). Hay especies que desarrollan su ciclo vital completo en el Mar Menor y otras especies que utilizan la laguna como zona de refugio y cría. Son de gran interés ecológico la anguila europea (Anguilla anguilla) cuyas larvas recorren un largo camino desde el mar de los Sargazos hasta llegar al Mar Menor, y el fartet (Aphanius iberus), por encontrarse ambas especies en peligro crítico de extinción.
La nacra (Pinna nobilis) entró en el Mar Menor en los años 70 del siglo pasado debido a la bajada de sal que se produjo en sus aguas después del ensanche del canal del Estacio y la entrada masiva de agua del Mediterráneo. Hoy es un tesoro que debemos preservar.
Entre los peces destaca la especie más emblemáticas del Mar Menor, el caballito de mar (Hippocampus guttulatus). Existen especies de gran importancia económica, como el langostino (Penaeus kerathurus) y varias especies de mújoles.
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