Los cnidarios son un filo que agrupa alrededor de 10.000 especies. Dentro de este grupo se encuentran las medusas, los pólipos, las actinias y los corales.

En el Mar Menor abundan las anémonas Exaiptasia diaphana (antes Aiptasia diaphana) y Paranemonia cirenea, pero sobre todo las medusas Aurelia aurita (única autóctona) y las que se introdujeron en los años 70 a raíz de la apertura del canal del Estacio: Cotylorhiza tuberculata y Rizosthoma pulmo. Desde 2017 se han visto ejemplares de Phyllorhiza punctata.